Caracterização molecular dos tumores desmóides / Molecular characterization of desmoid tumors

Os tumores desmóides são proliferações mesenquimais fibroblásticas que, apesar de não originarem metástase, são extremamente invasivos localmente. Esses tumores podem ser esporádicos ou relacionados a síndromes genéticas, como a polipose adenomatosa familiar (FAP). Algumas alterações moleculares já foram relatadas, entretanto, a tumorigênese desses tumores ainda não é totalmente compreendida. Assim, o objetivo desse estudo é analisar e comparar o espectro de mutações somáticas nos tumores desmóides esporádicos e associados a síndromes. Dez tumores desmóides foram analisados por sequenciamento do exoma. O DNA extraído foi utilizado para a construção de uma biblioteca. O DNA fragmentado foi hibridizado com moléculas de RNA correspondentes à região do exoma (50Mb) e posteriormente capturado. As bibliotecas foram amplificadas através de PCR em emulsão e sequenciadas utilizando o SOLiD™ 4 System. Os dados de sequenciamento foram analisados através de programas específicos, e as variantes identificadas somente no tecido tumoral foram selecionadas. A validação de algumas variantes foi realizada por sequenciamento alvo (target sequencing), por ser um método mais sensível através do Ion AmpliSeq e sequenciamento na plataforma Ion PGM.

Desmoid tumors (DTs) are unique mesenchymal fibroblastic proliferationsthat, despite the absolute lack of ability to metastasize, are extremely locallyinvasive. The great majority of DTs occur sporadically, most of these arecaused by somatic mutations in β-catenin (CTNNB1) that lead to aconstitutive activation of WNT pathway. A small number of DTs can occur inthe background of familial adenomatous polyposis (FAP) and are associatedwith inactivating germline mutations in the adenomatous polyposis coli (APC)gene. However, as the genetic profile of desmoid tumors has not beenstudied extensively and remains poorly characterized, the aim of this projectwas to analyze the spectrum of somatic mutations in desmoid tumors. TenDTs were analyzed by massive parallel sequencing (exome). DNA wascaptured by hybridization in solution to cRNA oligonucleotide baits, subjectedto an emulsion PCR, and then sequenced using the SOLiD™ 4 System. Thesequence data were analyzed through specific bioinformatics software andthe variants identified only in tumor were selected for further validation. Forthe sake of higher sensitivity and specificity, target sequencing usingcustomized Ion AmpliSeq™ panels on the Ion PGM™ plataform were used tovalidate the alterations observed using the SOLiD™ 4.

Análise exômica em pacientes portadores de cardiomiopatia hipertrófica / Economic analysis in patients with hypertrophic cardiomyopathy

A cardiomiopatia hipertrófica (CMH) é uma doença geneticamente determinada, caracterizada por hipertrofia ventricular primária, com prevalência estimada de 0.2% na população geral. Qualquer portador tem 50% de chance de transmitir esta doença para seus filhos, o que torna cada vez mais relevante a importância do estudo genético dos indivíduos acometidos e de seus familiares. Já foram descritas diversas mutações genéticas causadoras de CMH, a maioria em genes que codificam proteínas do sarcômero, e algumas mutações mais raras em genes não sarcoméricos. O objetivo desse estudo é sequenciar as regiões exônicas de genes candidatos, incluindo os principais envolvidos na hipertrofia miocárdica, utilizando o sequenciamento de nova geração (Generation Sequencing); testar a aplicabilidade e viabilidade deste sistema para identificar mutações já confirmadas e propor as prováveis novas mutações causadoras de CMH. Métodos e resultados: 66 pacientes não aparentados portadores de CMH foram estudados e submetidos à coleta de sangue para obtenção do DNA para analisar as regiões exômicas de 82 genes candidatos, utilizando a plataforma MiSeq (Illumina)...

Identification of a GJA3 mutation in a Chinese family with congenital nuclear cataract using exome sequencing.

Congenital cataract, a clinically and genetically heterogeneous lens disorder is defined as any opacity of the lens presented from birth and is responsible for approximately 10% of worldwide childhood poor vision or blindness. To identify the genetic defect responsible for congenital nuclear cataract in a four-generation Chinese Han family, exome and direct Sanger sequencings were conducted and a missense variant c.139G>A (p.D47N) in the gap junction protein-alpha 3 gene (GJA3) was identified. The variant co-segregated with patients of the family and was not observed in unaffected family members or normal controls. The above findings indicated that the variant was a pathogenic mutation. The mutation p.D47N was found in the first extracellular loop (E1) domain of GJA3 protein. Our data suggest that exome sequencing is a powerful tool to discover mutation(s) in cataract, a disorder with high genetic heterogeneity. Our findings may also provide new insights into the cause and diagnosis of congenital nuclear cataract and have implications for genetic counseling.